十二五时期是上海加快推进“四个率先”、建设“四个中心” 和社会主义国际大都市的关键时期，也是发挥绿色世博示范效应，加快生态型城市建设，努力创建国家环境保护模范城市的重要时期。上海水域市容管理将围绕“以人为本、治本为先、城乡一体、争创一流”的总体要求，以水域市容环境卫生污染防控和改善水域市容环境卫生质量为核心，不断推进五大系统建设，进一步转变观念，开拓创新，突出重点，循序推进，努力打造全国一流的城市水域市容环境和一流的水域市容环境管理水平，进一步促进水域市容环卫事业又好又快发展。
一是建立健全水域市容环境行政管理系统。全市水域市容环境卫生行政管理，要逐步形成统一领导、分级管理、市管协调、以区为主、街镇配合的管理格局。水管处作为市级水域市容环境卫生工作的具体管理部门，负责统一领导全市水域市容环境卫生管理工作，并努力由管理具体事务向组织协调转变。各区县绿化市容环卫部门分工负责，能设有专职水域市容环卫管理单位或部门，负责本辖区范围内的水域市容环境卫生管理工作。街道办事处、镇政府倡导设置专职或兼职水域市容环卫管理部门，负责所辖区域内的具体水域市容环境卫生管理工作。
二是建立健全水域市容环境安全管理系统。针对影响水域市容环境安全的内容和因素，如水生植物、动物尸体等，通过拦截设施和相应处置设施的建设，在全市水域逐步建立“上游拦捞、中游保洁、下游应急”的三级防控体系，防止危害水域市容环境公共安全事件的发生。结合沿岸责任区管理制度的进一步落实，将陆域上有影响水域环境安全的各种因素，尽可能地减少和隔绝。
三是建立健全水域市容环境秩序管理系统。针对水域市容环境卫生责任区、船容船貌，以及沿岸建构筑物及相关设施，进一步细化、编制相关标准和制度，加强政策引导和规范管理。组织执法力量加大对相关法定责任主体执法检查力度，强化监督和约束，确保水域市容环境秩序实现“整洁、有序、美观、协调”的目标。
四是建立健全水域市容环境危机管理系统。强化日常监督与管理，及时发现和处置侵害、危害本市水域市容环境卫生整洁、有序、美观的现象和行为，最大程度地减少和降低水域市容环境突发事件造成的危害程度。针对船舶碰撞、油污满溢水域等突发事件和行为，完善危机应对与处置预案，按照快速、高效、稳妥地原则，解决各类突发事件。
五是建立健全水域市容环境社会管理系统。加大社会宣传力度，设计活动载体，引导广大市民群众更好地了解、支持和参与水域市容环卫管理工作。充分与海事、环保、水务、港口等横向部门以及市文明办和新闻媒体单位的联动、联谊、联合，发挥各自特长，做好工作互助。完善水环境的舆情收集系统，进一步倾听社会呼声，了解民情，体会民意，及时解决市民诉求。